São Boaventura não sistematiza tratado de eclesiologia como de praxe na Idade Média. Entretanto, em diversos trechos de suas obras, desde as primeiras até as últimas mostram riqueza de elementos eclesiológicos. O ponto de partida na compreensão da Igreja é sempre trinitário. Daí porque não somente a cristologia, mas também a doutrina do Espírito Santo tem lugar fundamental. Desde a fundação até o aperfeiçoamento da Igreja, a terceira pessoa da Trindade tem papel determinante. A missão de Cristo na Paixão segue a do Espírito Santo em Pentecostes. Ele age de tal modo que faz da Igreja organismo vivo, dinâmico, imbuído de fé, caridade e esperança, fazendo dela sacramento universal da graça e lugar da distinção, da solidariedade, da abertura mútua e do serviço fraterno.