Os cães infectados com babesiose têm provas de lesões renais agudas e disfunções cardíacas. Os danos renais caracterizam-se pela presença de células tubulares renais, proteinúria, e enzimas variáveis e azotaemia. As causas do dano renal são atribuídas a uma combinação de redução da taxa de filtração glomerular, hipoxia anémica, e met-hemoglobina. A hemodinâmica renal é também mais susceptível de ser anormal quando existe disfunção cardíaca, que na babesiose parece estar associada a enfarte do miocárdio. A disfunção cardíaca pode ser demonstrada por troponinas cardíacas séricas elevadas, histopatologia cardíaca, e alterações do ECG.