Esta pesquisa teve o objetivo de identificar e analisar de que forma a estrutura orçamentária influencia na produtividade dos gastos públicos na saúde da rede municipal. Baseado nas teorias do federalismo fiscal e da escolha pública, assim como pautado em estudos empíricos, admitiu-se uma estrutura orçamentária dividida entre gastos operacionais, administrativos e investimentos. Adotou-se como métrica da produtividade o Índice de Malmquist e da Análise Envoltória de Dados (DEA). A amostra utilizada resultou em 1.955 municípios da federação brasileira e o período analisado abrangeu as últimas duas gestões municipais, 2009 a 2014. Com isso, os resultados indicaram que 36% dos municípios analisados apresentaram alocações eficientes de recursos. No que diz respeito à estrutura orçamentária, verificou-se que os municípios não têm apresentado gastos eficientes, sobretudo na rubrica investimentos. Além disso, verificou-se que aportes discricionários na saúde não conduzem a resultados satisfatórios, sendo, portanto, considerado gastos desordenados ou excedentes.