Os carcinomas orais de células escamosas podem desenvolver-se em vários locais anatómicos e têm um comportamento biológico variável. Os marcadores tumorais têm a promessa de uma revolução no diagnóstico de doenças e monitorização terapêutica, desde que os principais desafios em genómica, proteómica e disciplinas relacionadas possam ser enfrentados. As normas regulamentares a serem cumpridas pelas novas tecnologias de medição para o laboratório clínico são muito elevadas. As medições não devem ser apenas precisas, devem ter uma implicação médica concreta. Uma compreensão mais sofisticada da patogénese e a identificação de melhores marcadores biológicos poderiam fornecer informações úteis para prever os resultados e individualizar o tratamento.