La Cour a deux types de juridiction : contentieuse et consultative. Selon le Protocole (article 5) et le Règlement (article 33), la Cour peut recevoir des plaintes et/ou des requêtes qui lui sont soumises soit par la Commission africaine des droits de l'homme et des peuples, soit, dans des circonstances différentes, par des États parties au Protocole ou des organisations intergouvernementales africaines. Les organisations non gouvernementales ayant le statut d'observateur auprès de la Commission africaine des droits de l'homme et des peuples et les particuliers des États ayant fait une déclaration acceptant la juridiction de la Cour peuvent également introduire des affaires directement devant la Cour. En janvier 2019, seuls neuf pays ont fait une telle déclaration.