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La diversidad microbiana es una fuente importante de productos y procesos biotecnológicos; sin embargo, únicamente entre el 0.1 y 10 % de los microorganismos en el ambiente son ahora cultivables; por lo tanto, uno de los retos más importantes de la microbiología y biotecnología es el estudio de toda esta diversidad. El aislamiento directo de ADN de una determinada muestra nos permite el acceso a los recursos potencialmente ilimitados de microorganismos no cultivables. Todo este ADN genómico (el metagenoma ) puede constituir una herramienta importante en la búsqueda de nuevas enzimas de interés industrial y medioambiental. La composición de comunidades microbianas complejas se ha estimado principalmente de acuerdo a la diversidad de las secuencias de ADN que codifican los rRNA que forman parte de las subunidades del ribosoma, existiendo en la actualidad una enorme base de datos.