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L'incinération in situ des résidus de culture, pratiquée par la majorité des agriculteurs du nord-ouest de l'Inde, détériore la qualité du sol et de l'environnement. Les champignons ont un potentiel de dégradation de la lignocellulose et peuvent être utilisés pour la décomposition in situ des résidus de culture. Les espèces fongiques Aspergillus terreus, A. flavus, A. niger et Penicillium janthinellum ont été isolées et évaluées sur la base de l'activité des enzymes lignocellulolytiques pour le potentiel de dégradation des résidus de culture. A. flavus et A. terreus ont montré une dégradation de 30% des résidus après 10 jours d'incubation et ces champignons n'ont pas eu d'effets secondaires sur la croissance des cultures de blé en plein champ. La diversité fongique s'est avérée augmenter avec les pratiques de gestion basées sur l'AC, les séquences maximales du phylum étaient dans l'ordre Ascomycota> Basidiomycota> Glomeromycota. Cependant, Alternaria, Cercophora et Epicoccum étaient les genres fongiques les plus abondants. Au niveau du phylum, l'abondance relative des Ascomycota variait de 55 à 74 %, avec la plus forte dominance enregistrée dans les systèmes de maïs basés sur l'AC (maïs-blé-féverole) et la plus faible dans les systèmes conventionnels riz-blé, mais au niveau de la classe, les Sordariomycetes avaient la plus forte abondance, suivis par les Dothideomycetes et les Eurotiomycetes.