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La santé du tractus gastro-intestinal (GI) est un facteur clé de la performance biologique et de l'efficacité des animaux producteurs d'aliments. Un tractus GI sain assure une digestion et une absorption optimales des nutriments. Le développement et le maintien d'une santé intestinale optimale dépendent fortement de l'acquisition et du maintien d'un microbiote intestinal équilibré. Le microbiote intestinal d'un animal est une communauté complexe de micro-organismes dominée par des bactéries. Les bactéries du tractus intestinal varient en densité et en espèces dans les différents compartiments de l'intestin en fonction de l'environnement local. Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans la santé et le bien-être de son hôte en lui procurant un certain nombre d'avantages. Le microbiote intestinal facilite la digestion, protège contre les agents pathogènes, produit des nutriments et joue un rôle dans le développement et la maturation des tissus intestinaux et du système immunitaire. Au sein de la communauté microbienne intestinale, il existe un certain nombre d'agents pathogènes opportunistes qui peuvent provoquer des maladies s'ils ont la possibilité de traverser la barrière intestinale. La barrière intestinale est essentiellement une couche unique d'épithélium qui empêche les bactéries de passer dans la muqueuse intestinale.