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La CCM repose sur le principe classique de la chromatographie, selon lequel les composants d'un mélange sont séparés entre une phase stationnaire fixe et une phase mobile liquide en fonction des affinités différentielles entre les deux phases.Les différents composés se déplacent à des vitesses différentes en raison des différences d'attraction qu'ils exercent sur la phase stationnaire et des différences de solubilité dans le solvant.La séparation des composés est basée sur la concurrence entre le soluté et la phase mobile pour les places de liaison sur la phase stationnaire.