Andrej Sekera ( 8. Juni 1986 in Bojnice, Tschechoslowakei) ist ein slowakischer Eishockeyspieler, der bei den Buffalo Sabres auf der Position des Verteidigers spielt. Andrej Sekera begann seine Karriere in den Nachwuchsmannschaften des HC Dukla Tren ín, für die er bis 2004 in den Juniorenligen der Slowakei spielte. In der Saison 2003/04 debütierte er zudem in der slowakischen Extraliga für Tren ín. Während des NHL Entry Draft 2004 wurde er von den Buffalo Sabres in der dritten Runde an insgesamt 71. Stelle ausgewählt und wechselte daraufhin im Sommer 2004 zu den Owen Sound Attack aus der Ontario Hockey League.