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As aplicações deste projecto são a identificação do polimorfismo genético entre os cruzamentos intra-específicos das plantas e também a identificação das variedades vegetais em disputa. Para que, os direitos de propriedade intelectual do criador de plantas possam ser protegidos. Muitos marcadores moleculares foram desenvolvidos e são as ferramentas poderosas para o sucesso do melhoramento vegetal. SSR e ISSR são tais marcadores moleculares utilizados no meu projecto. Os kits podem ser desenvolvidos juntamente com os marcadores e outras enzimas relacionadas, a fim de identificar as variedades Capsicum annum.