Neste trabalho é desenvolvida uma metodologia para a alocação dos custos dos produtos gerados por uma miniETE, com vistas a analisar a viabilidade econômica para a sua implantação, inclusive caracterizando-a como a melhor escolha a ser adotada na solução de saneamento básico em zonas rurais e em regiões de limitado poder aquisitivo, além de que tem potencial energético face à sua capacidade de transformar em eletricidade a energia contida no biogás gerado. Essa metodologia é aplicada ao sistema instalado na FEG-UNESP, tendo sido estabelecidas as condições iniciais a partir da realidade vivida no campus e sendo relacionadas as características termodinâmicas do sistema, a partir do seu diagrama de processo. As características associadas ao diagrama de processo possibilitam construir o diagrama funcional termoeconômico do sistema e determinar as equações referentes às funções exergéticas desse sistema e os respectivos valores das exergias associados. Após esses cálculos, elabora-se um modelo estrutural para avaliar os custos de seus produtos (biogás, biofertilizante, água de reuso e eletricidade) e avaliar a viabilidade econômica em função do retorno de capital investido.