PGPR sind die wichtigsten Wurzelbesiedler, gehören zu verschiedenen Gattungen und die meisten berichteten Stämme sind von Arten von Pseudomonas, Bacillus und Serratia. Die Stämme von PGPR sind dafür bekannt, sowohl in der Rhizosphäre als auch in der Phyllosphäre zu überleben. Mehrere Pseudomonas-Stämme haben gezeigt, dass sie die ISR in Pflanzen gegen viele Pilz-, Bakterien- und Viruserkrankungen aktivieren. Als Reaktion darauf sind Biofungizide, die entweder von Mikroben oder Pflanzen stammen, als vielversprechende alternative Strategien entstanden. Neem (Azadirachta indica), Knoblauch (Allium sativum), Zwiebel (Allium cepa) und einige andere Pflanzen hemmen die Kraut- und Knollenfäule bei Kartoffel und Tomate. Blattextrakte von Prosopis juliflora und Cocos nucifera hemmten die Vermehrung der Sporen von Alternaria. Solani zu über 90 %.
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