A variabilidade genética de 30 indivíduos de Stevia rebaudiana [Bertoni] da coleção de germoplasma do INTA EEA Cerro Azul (Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria, Estación Experimental Cerro Azul) foi determinada através da aplicação de marcadores moleculares Inter Simple Sequence Repeats (ISSR). A partir da análise do método de grupos de pares não ponderados com média aritmética (UPGMA), definiram-se dois clusters que agrupam os indivíduos pelas suas distâncias genéticas calculadas de acordo com o índice DICE, obtendo-se uma similaridade que se situa no intervalo de 0,57 a 0,89. Com os dados moleculares fornecidos, cruzamentos direcionados poderiam ser projetados para futuros programas de melhoramento genético da espécie, sem comprometer a diversidade encontrada nesta coleção.