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Parmi les crustacés d'élevage, la crevette géante d'eau douce Macrobrachium rosenbergii était jusqu'à récemment l'une des principales espèces à haute valeur commerciale. Récemment, elle a perdu sa popularité en raison de maladies et de la croissance différentielle des mâles en raison de la hiérarchie sociale. L'espèce peut retrouver son ancien statut privilégié si elle est génétiquement améliorée pour sa croissance et sa résistance aux maladies. L'amélioration sélective est grandement facilitée par la sélection assistée par marqueurs (SAM). Les polymorphismes à nucléotide unique (SNP) offrent la résolution la plus fine possible pour une carte de marqueurs (un seul changement de nucléotide), sont co-dominants, bi-alléliques et généralement abondants dans les populations ayant un faible taux de mutation. Le séquençage de l'ADN par des plateformes NGS est considéré comme l'approche la plus rentable. Dans cette étude, l'exploration des SNP a été réalisée dans les séquences transcrites de M. rosenbergii disponibles dans GenBank, NCBI. Des spécimens sauvages ont été collectés dans différents plans d'eau. Des amorces ont été conçues pour amplifier le codage (CDS) et les amplicons ont été séquencés sur les plateformes GS-FLX 454 et Ion torrent. 173 SNP ont été détectés à travers les populations. Cette approche pour l'extraction de SNP dans les séquences rapportées a été utilisée par nous pour la première fois.