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La investigación se realizó en el Centro de Investigación, Postgrado y Conservación Amazónica (CIPCA) de la Universidad Estatal Amazónica, el propósito fue comprobar que el compost, elaborado con EM (microorganismos eficientes) mejora su calidad, y luego de su aplicación conocer el grado de eficiencia en la brotación de semilla de Frutepan Artocarpus altilis, cacao Teobroma cacao L. y Naranja Washington Citrus cinensis. El campo experimental está ubicado en la provincia de Napo, con clima ecuatorial, a 1º 16 y 36 S, longitud: 77º 58 y 76 W, altitud: 775 msnm, con una temperatura entre 18 y 32oC, la precipitación promedio anual supera los 3000mm y la humedad relativa entre 87 y 89%. Se aplicó un diseño experimental de bloques completamente al azar con tres repeticiones. Se capturaron EMas in situ , luego de reproducirles se determinó que la mayor carga microbiológica correspondía a las bacterias fototróficas, estos EMas y las bacterias del ácido láctico fueron obtenidos a nivel artesanal y las levaduras adquiridas comercialmente, se determinó que aceleran el proceso de compostaje y eliminan microorganismos patógenos por efecto de las altas temperaturas.