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L'endosimbiosi arcaica porta alla carenza di selenio. L'archaea usa il selenio per sintetizzare le selenoproteine arcaiche. Questo porta a una carenza di selenio cellulare. La carenza di selenio porta a una propagazione retrovirale difettosa, poiché i retrovirus contengono sequenze di selenoproteine e hanno bisogno di selenio per sintetizzarle. La carenza di selenio porta a una disfunzione difettosa della glutatione sintetasi e della glutatione perossidasi che porta allo stress da radicali liberi e alla neurodegenerazione, al cancro, alle malattie autoimmuni e alla sindrome metabolica. La carenza di selenio porta a una conversione difettosa da T4 a T3, poiché la deiodinasi ha bisogno di selenio come cofattore. La carenza di selenio porta all'ipotiroidismo e alla tiroidite di Hashimoto. La carenza di selenio porta alla cardiomiopatia e alla pancreatite. La tiroidite di Hashimoto conseguente alla carenza di selenio è associata a malattia dei piccoli vasi cerebrali, idrocefalo a pressione normale, encefalopatia di Hashimoto, meningite autoimmune non vasculitica, demenza autoimmune ed encefalopatia iponatremica ricorrente. La carenza di selenio porta a una sindrome endocrina cardiaca e a una sindrome neurologica.