Artemis Fowl, jeune génie de douze ans, vit en Irlande et n'a qu'un objectif en tête : restaurer la fortune de sa famille. Le père d'Artemis est porté disparu et sa mère, folle de chagrin, a perdu la tête. Il découvre alors l'existence du Peuple des fées. Celles-ci se sont réfugiées sous terre depuis des centaines d'années et ne font que de rares incursions à l'air libre, équipées comme des cosmonautes. Quand leur capitaine, Holly Short, est envoyé en surface pour arrêter un troll échappé, elle devient la cible d'Artemis.