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A fragmentação de ecossistemas, os distúrbios ecofisiológicos e as mudanças climáticas geram pressões evolutivas nas espécies vegetais, forçando-as a encontrar a melhor alternativa para sobreviver, podendo, na maioria das vezes, comprometer a ecologia e a evolução do sistema de acasalamento. O presente trabalho tem por objetivo apresentar os principais pontos relacionados a endogamia em espécies florestais, onde foram apresentados o entendimento para os conceitos de endogamia, tamanho efetivo da população e o processo de amostragem em populações pequenas. Devido ao efeito negativo desse processo, é importante compreender as taxas de endogamia nas populações, para que possamos ter ferramentas que auxiliem no manejo e conservação de ecossistemas, bem como no melhoramento genético de espécies florestais.