Gli ascessi cerebrali atipici, come quelli tubercolari, da toxoplasmosi, da nocardia, da actinomiceti e da funghi, si verificano per lo più in pazienti immunocompromessi, soprattutto in varie regioni endemiche del mondo. Le caratteristiche cliniche di questi ascessi cerebrali sono per lo più insidiose e non specifiche. La natura atipica e aspecifica delle immagini di questi ascessi cerebrali, tra cui la TAC e la risonanza magnetica cerebrale, e altre difficoltà diagnostiche possono causare ritardi nella formulazione della diagnosi, ma con l'applicazione di modalità come l'imaging pesato in diffusione (DWI) e la spettroscopia RM, gli ascessi cerebrali atipici possono essere prontamente differenziati dagli ascessi cerebrali batterici piogeni, dai granulomi, dai tumori cerebrali e tra loro. Anche l'identificazione microbiologica è progredita grazie ai progressi della microbiologia molecolare, della medicina nucleare e dell'immunologia, rendendo possibile e più immediata la differenziazione dei vari organismi causali. Gli esiti già scarsi in generale possono essere migliorati se il medico identifica i fattori di rischio positivi e le apparenze radiologiche suggestive e instaura tempestivamente una terapia appropriata.