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Il ruolo del microbiota intestinale è fondamentale per il mantenimento della salute umana. Diversi studi hanno sostenuto il ruolo del microbiota intestinale nella gestione di disturbi metabolici e mentali, nonché di malattie del sistema cardiovascolare e del sistema nervoso autoimmune. In generale, il microbiota intestinale è coinvolto nell'attribuzione di funzioni specifiche nel metabolismo dei farmaci e dei nutrienti dell'ospite, nella protezione da alcuni agenti patogeni, nel mantenimento dell'integrità strutturale della mucosa intestinale e nell'immunomodulazione. Sono generalmente suddivisi in Bacteroidetes e Firmicutes. Il microbiota intestinale influenza molte aree della salute umana, dall'immunità innata all'appetito e al metabolismo energetico. Alcuni studi hanno recentemente indagato il ruolo vitale del microbiota intestinale nel metabolismo del colesterolo, forse attraverso cinque diversi meccanismi: modifica del rapporto tra acidi biliari liberi e acidi biliari coniugati; fermentazione della fibra alimentare per produrre acidi grassi a catena corta che possono inibire la sintesi del colesterolo; espressione genica mediata dal microbiota per il metabolismo del colesterolo; conversione del colesterolo in coprostanolo a basso assorbimento; riduzione del colesterolo nel sangue attraverso l'inibizione dei lipopolisaccaridi.