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A escassez de água tornou-se um problema cada vez mais grave na região de Pondicherry. As águas subterrâneas tornaram-se a principal fonte de abastecimento de água para os sectores doméstico, industrial e agrícola nesta região. Este aquífero costeiro partilha com os aquíferos continentais muitas características hidrogeológicas e existe o risco de deterioração da qualidade da água. A região de Pondicherry é constituída por terrenos sedimentares sequenciais compostos por arenito, areia e argila, juntamente com ocorrências de lenhite em formações do período Mio-Pliocénico, o que indica a presença de carbono orgânico nestes aquíferos. A formação de Cuddalore também se encontra num ambiente redutor devido à presença de marcassite, turfa e lenhite. A formação do Cretáceo Superior é constituída por calcários, argilas arenosas e arenitos depositados em ambiente marinho e servem como fontes naturais de carbono orgânico que é posteriormente lixiviado dos sedimentos para as águas subterrâneas. As fontes antropogénicas são representadas principalmente por agroquímicos, efluentes industriais, lixiviados de aterros e práticas agrícolas.