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Le proprietà antimicrobiche della prodigiosina sono state spesso messe in discussione, in particolare a causa delle alte concentrazioni richieste per essere efficaci, poiché queste superano i livelli che causano tossicità nelle cellule dei mammiferi. Per questo motivo, è stata studiata più approfonditamente per il suo uso nella terapia antitumorale e immunosoppressiva, che come agente per combattere gli agenti infettivi. L'interesse per la prodigiosina come farmaco è dimostrato dal numero di rapporti in letteratura dai diversi campi interessati, così come dalle esplorazioni della sua complessazione, e incapsulamento, sia per la consegna del farmaco che per migliorare la sua attività. Ad oggi, è rilevante implementare metodi alternativi di trattamento delle infezioni causate da diversi microrganismi e sviluppare approcci combinati per il trattamento delle malattie infettive. L'approccio combinato si distingue per l'uso di due o più terapie per il trattamento delle malattie infettive. Il suo vantaggio è la capacità di superare i limiti individuali di ogni sostanza attiva.