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No indivíduo com Síndrome de Down (SD), a modulação do sistema nervoso autônomo (SNA) sobre o ritmo cardíaco pode estar comprometida, podendo resultar em alterações na frequência cardíaca (FC) e na duração do ciclo cardíaco. A disfunção do SNA e da capacidade de acumular mais tecido adiposo está comumente presente nas pessoas com SD, sendo este um fator independente para um pior prognóstico de morte súbita nessa população. Trata-se de um estudo do tipo analítico e transversal, a análise dos dados foi realizada no software GraphPad Prism®, versão 5.01 e a pesquisa de campo foi realizada na APAE( Associação de pais e amigos especiais) da cidade da grande São Luís - MA. Foram analisados 52 indivíduos com Síndrome de Down e 11 indivíduos do grupo controle , sem a trissomia 21. Independentemente da intensidade, o exercício pode promover adaptações positivas na modulação autonômica em indivíduos com Síndrome de Down.