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A monitorização dos microrganismos bacterianos e fúngicos associados ao Saccharum officinarum (Cana-de-açúcar) no jardim etnobotânico da Universidade de Wesley, Ondo foi levada a cabo através de diferentes processos microbianos. Estes envolvem a recolha de amostras de plantas de cana de açúcar para isolar a doença bacteriana e fúngica associada à cana-de-açúcar e o desenvolvimento do inventário de doenças associadas à cana de açúcar. As amostras do solo, caule, raiz e folha foram cultivadas em ágar nutriente, ágar dextrose de batata e ágar de contagem de placas respectivamente e os isolados obtidos foram identificados utilizando características culturais, morfológicas e bioquímicas. As bactérias isoladas identificadas das amostras recolhidas foram Aeromonas sp., Bacillus sp., Corynebacerium sp., Pseudomonas sp., Micrococcus sp., Serratia sp., Staphylococcus sp., Enterococcus sp., enquanto os isolados fúngicos identificados foram Penicillium sp, Aspergillus sp., Mucor sp., Rhizopus sp., Saccharomyces sp. Durante o período deste trabalho de investigação, a amostra de folhas e caules doentes foi comum durante todo o período de estudo e esteve no seu auge durante a estação das chuvas.