Objetivo de investigar parâmetros de preparo do canal radicular através de dois diferentes sistemas rotatórios de Níquel-Titânio (NiTi). Foram avaliados: tempo de trabalho e a capacidade de remoção de smear layer das paredes do canal radicular. Para isto, foram selecionados vinte e cinco raízes mesiais de molares inferiores humanos extraídos, apresentando canais radiculares com curvaturas entre 5 e 48º divididos em dois grupos experimentais de 12 canais cada (n=12), além de um canal utilizado como grupo controle negativo. Os canais de um grupo foram instrumentados com o sistema Pathfile/ProTaper Universal¿ (grupo PP) e do outro com o sistema Mtwö (grupo MT), seguindo as normas do fabricante até um instrumento tip 25 e irrigados com NaOCl 5,25% e EDTA 17%. Foi avaliada a remoção de smear layer das paredes dos canais em cada terço com o auxílio de microscopia eletrônica de varredura (MEV) em um aumento de 500x. Os dados foram analisados através dos testes análise descritiva e teste t, com nível de significância de 0,05. Os dois sistemas apresentaram características semelhantes na na remoção de smear layer, porém o sistema Mtwö realizou a instrumentação em um menor período de tempo.