As sementes fermentadas e secas do cacaueiro (Theobroma cacao L.) constituem a matéria-prima para a produção de chocolate, cuja cadeia produtiva envolve 60 bilhões de dólares anuais. A coleta, avaliação e conservação de germoplasma de cacau são muito importantes para os programas de melhoramento. Todavia, o nível e a distribuição da variação em populações silvestres são pouco conhecidos. Dessa forma, os objetivos do presente estudo foram: Avaliar a diversidade e o padrão de distribuição da mesma, entre e dentro de populações de cacau de diferentes bacias hidrográficas; avaliar a hipótese de diferenciação das populações por bacia e avaliar o potencial dos acessos clonais de cacau para o melhoramento. Para a avaliação foram coletados, durante quatro anos consecutivos, dados morfológicos de 145 acessos clonais provenientes de nove bacias hidrográficas. Dessa forma, este estudo fornece novas compreensões sobre a estrutura genética e distribuição das populações de cacau, visando a coleta, a gestão, a conservação e o melhoramento.