El objetivo del tratamiento del conducto radicular es limpiar el conducto radicular teniendo en cuenta los objetivos biológicos, químicos y mecánicos. Las bacterias son los principales factores causantes de la patología pulpar y periapical. Aunque la preparación quimomecánica de los conductos radiculares es capaz de reducir el número de bacterias, la desinfección completa del conducto es difícil debido a la complejidad de la anatomía del conducto radicular. Debido a la compleja anatomía del sistema de conductos radiculares, una desinfección eficaz en endodoncia sólo se consigue aumentando la preparación mecánica con irrigantes antimicrobianos.
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