Die Nukleinsäure-Hybridisierung ist der Prozess, bei dem zwei DNA- oder RNA-Einzelketten (einsträngig) aus verschiedenen biologischen Quellen eine doppelte Kettenkonfiguration bilden, die auf einer eventuellen Sequenzhomologie der beiden Quellen beruht und zu DNA-DNA-, RNA-RNA- oder DNA-RNA-Hybriden führt. Bei der molekulargenetischen Technik der DNA-Hybridisierung werden DNA-Einzelstränge aus zwei verschiedenen Arten miteinander verbunden, um hybride Doppelhelices zu bilden. Anhand dieser hybriden DNA-Segmente lässt sich die evolutionäre Verwandtschaft von Organismen feststellen, indem untersucht wird, wie ähnlich oder unähnlich die DNA-Basenpaar-Sequenzen sind. Die Technik der DNA-Hybridisierung beruht auf zwei Prinzipien: erstens, dass DNA-Doppelstränge durch Wasserstoffbrücken zwischen komplementären Basenpaaren zusammengehalten werden, und zweitens, dass die Anzahl der komplementären Basenpaare in der Hybrid-DNA umso größer ist, je enger zwei Arten miteinander verwandt sind.Mit anderen Worten: Der Grad der Hybridisierung ist proportional zum Grad der Ähnlichkeit zwischen den DNA-Molekülen der beiden Arten.
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