A aplicação efectiva do balanced scorecard na implementação da estratégia conduziria a organizações extremamente bem sucedidas. No entanto, as organizações podem deparar-se com desafios aquando da aplicação do balanced scorecard na implementação da estratégia. Por conseguinte, as organizações têm de prestar atenção a estes desafios e encontrar formas eficazes de os ultrapassar, definindo estratégias adequadas.