A elucidação da base molecular da variação fenotípica adaptativa compreende um dos principais objetivos da biologia evolutiva. Na última década, o gene do receptor de melanocortina-1 (MC1R) regulador da síntese de melanina tem sido foco de diversos estudos sobre a coloração do corpo nos vertebrados. Analisou-se a variação deste gene em duas espécies do gênero Liolaemus que apresentam colorações distintas e crípticas. Os polimorfismos genéticos encontrados nas espécies não foram associados com o padrão de coloração corporal. Em L. arambarensis foram observadas cinco substituições sinônimas, nenhuma delas era estritamente associada com a variação de coloração. Da mesma forma, a análise comparativa mostrou que as sequências de Liolaemus foram monomórficas em posições de aminoácidos funcionalmente importantes na coloração do corpo de outras espécies de répteis. Contrariamente a outros grupos taxonômicos, tais resultados demonstram que não há um padrão único de sítios responsáveis pormudanças na coloração do corpo nesse grupo. Estes resultados permitem inferir que outros genes e/ou processos de regulação devem agir sobre a coloração, bem como ação de fatores não-genéticos.