Bellemagny ist eine elsässische Gemeinde im französischen Département Haut-Rhin. Sie gehört zum Arrondissement Altkirch und dort zum Kanton Dannemarie. Die Gemeinde ist eines der 33 Mitglieder im Gemeindeverband Communauté de communes de la Porte d Alsace (CCPA). Die Gemeinde Bellemagny im Gebiet der Burgundischen Pforte liegt im äußersten Südwesten der Region Elsass und grenzt an die Region Franche-Comté. Im Ort fließt der Steinbach in den Traubach, der über die Largue zur Ill entwässert und somit zum Einzugsgebiet des Rheins gehört. Unmittelbar westlich von Bellemagny verläuft die Rhein-Rhône-Wasserscheide. Nachbargemeinden sind Eteimbes und Bretten im Norden, Sternenberg im Osten, Guevenatten im Südosten, Saint-Cosme im Süden sowie Vauthiermont im Westen.