Atypische Hirnabszesse wie Tuberkulose-, Toxoplasmose-, Nocardia-, Actinomyces- und Pilz-Hirnabszesse treten meist bei immungeschwächten Patienten auf, insbesondere in verschiedenen endemischen Regionen der Welt. Die klinischen Merkmale solcher Hirnabszesse sind meist schleichend und unspezifisch. Die atypische und unspezifische Beschaffenheit der bildgebenden Verfahren dieser Hirnabszesse, einschließlich Hirn-CT- und MRT-Scans, sowie andere diagnostische Schwierigkeiten können zu Verzögerungen bei der Diagnosestellung führen, aber mit der Anwendung von Modalitäten wie der diffusionsgewichteten Bildgebung (DWI) und der MR-Spektroskopie können atypische Hirnabszesse rasch von pyogenen bakteriellen Hirnabszessen, Granulomen, Hirntumoren und voneinander unterschieden werden. Auch die mikrobiologische Identifizierung hat mit den Fortschritten in der molekularen Mikrobiologie, der Nuklearmedizin und der Immunologie Fortschritte gemacht, so dass eine Differenzierung der verschiedenen verursachenden Organismen möglich und einfacher geworden ist. Die im Allgemeinen schlechten Ergebnisse können verbessert werden, wenn der Arzt positive Risikofaktoren und suggestive radiologische Erscheinungen erkennt und frühzeitig eine angemessene Therapie einleitet.