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Le présent travail est une contribution à l'étude hydorobiologique des principaux cours d'eau de la région de Meknès. L'étude a porté sur les paramètres microbiologiques, physico-chimiques et biologiques du réseau hydrographique et sur son impact sur l'environnement et la santé. La typologie a permis de corroborer l'étude des variations spatio-temporelles des paramètres physico-chimiques. Quatre variables interviennent activement dans l'individualisation de la qualité physico-chimique du milieu: O2, DCO, DT et T°. Les résultats microbiologiques montrent des concentrations importantes en indices de contamination principalement en aval, avec une apogée pendant la saison d'étiage impliquant une augmentation du risque sanitaire et en environnemental. La faune étudiée est caractérisée par une bonne diversité taxonomique. La structure biotypologique a mis en évidence une organisation de quatre écozones sur l'ensemble du réseau hydrographique étudié. L'approche multimétrique utilisée pour la caractérisation des eaux est plus adéquate pour les eaux des écosystèmes étudiés car elle s'avère plus performante que les méthodes classiques.