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Situé sur l'interface steppe-saharienne de l'Algérie occidentale, l'écosystème d'Ain Ouerka, a fait l'éloge de nombreux chercheurs, de par son diapir versicolore, jouxtant un double lacs énigmatique et des sources thermales aux vertus médicinales reconnues. Il offre un lieu de pèlerinage de plus en plus convoitées par le monde pastoral. Toutefois, du fait de l'absence d'un cadre d'aménagement adéquat, cet écosystème est exposé à une dégradation vertigineuse de sa biodiversité, tendant à la remise en cause de son classement en tant que site protégé. La présente contribution tente de dresser un état des lieux de cette biodiversité par une série d'observation et d'analyses d'échantillonnage prélevés. Enfin, et à titre de recommandation, ce diagnostic est accompagné de quelques actions d'aménagement, qui nous paraissent urgentes et les mieux appropriées pour faire face à ce bouleversement environnemental et asseoir une gestion durable de écosystème des zones arides.