Biodünger fügen Nährstoffe durch die natürlichen Prozesse der Stickstofffixierung, der Solubilisierung von Phosphor und der Stimulierung des Pflanzenwachstums durch die Synthese von wachstumsfördernden Substanzen hinzu. Man kann davon ausgehen, dass Biodünger den Einsatz von chemischen Düngemitteln und Pestiziden verringern. Die Mikroorganismen in Biodüngern stellen den natürlichen Nährstoffkreislauf des Bodens wieder her und bauen organische Substanz im Boden auf. Durch den Einsatz von Biodünger können gesunde Pflanzen angebaut werden, während gleichzeitig die Nachhaltigkeit und die Gesundheit des Bodens verbessert werden. Da sie mehrere Funktionen erfüllen, ist die bevorzugte wissenschaftliche Bezeichnung für diese nützlichen Bakterien "pflanzenwachstumsfördernde Rhizobakterien" (PGPR). Daher sind sie äußerst vorteilhaft für die Anreicherung der Bodenfruchtbarkeit und die Deckung des Nährstoffbedarfs der Pflanzen, indem sie die organischen Nährstoffe durch Mikroorganismen und deren Nebenprodukte liefern. Daher enthalten Biodünger keine Chemikalien, die für den lebenden Boden schädlich sind. Biodünger sind ein "umweltfreundlicher" organischer Agro-Input. Biodünger wie Rhizobium, Azotobacter, Azospirilium und Blaualgen (BGA) werden schon seit langem eingesetzt.