I biofilm sono complesse comunità tridimensionali di microrganismi che aderiscono a una superficie e sono racchiusi in una sostanza esopolimerica protettiva. Le complessità anatomiche dei sistemi dei canali radicolari proteggono i batteri aderenti in un biofilm dalle procedure di pulizia e modellazione. Le comunità microbiche che crescono nei biofilm sono notevolmente più difficili da sradicare con gli agenti antimicrobici e i microrganismi nei biofilm maturi possono essere estremamente resistenti per ragioni che non sono ancora state completamente spiegate. Poiché l'influenza della dentina del canale radicolare e di altre superfici sull'espressione di nuovi fenotipi di biofilm non è ancora stata toccata, le conclusioni e le decisioni raggiunte da studi di biofilm in monocultura in laboratorio devono essere prese con grande cautela. Sebbene nessuna delle soluzioni irriganti/disinfettanti attualmente utilizzate nel trattamento endodontico sia in grado di svolgere tutti i compiti richiesti, molte di esse possono avere un impatto sui biofilm, dissolvendo la pellicola, uccidendo i microbi che risiedono nel biofilm o aiutando a rompere o a staccare la pellicola dalla superficie.