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Le infezioni endodontiche hanno una natura polimicrobica con batteri anaerobi obbligati che dominano nettamente il microbiota nelle infezioni primarie. La stragrande maggioranza dei microrganismi in natura cresce e funziona invariabilmente come membro di comunità metabolicamente integrate, o biofilm. Questi biofilm sono responsabili della maggior parte delle infezioni croniche e di quasi tutte le infezioni recalcitranti nell'uomo. Gli obiettivi del trattamento canalare sono la dissoluzione dei tessuti pulpari vitali o necrotici, la disgregazione dei biofilm endodontici, la neutralizzazione delle endotossine e l'eliminazione dello strato di striscio. L'applicazione del concetto di biofilm alla microbiologia endodontica aiuta a comprendere il potenziale patogeno del microbiota canalare e a formulare nuovi approcci alla disinfezione dei canali radicolari.