Os biofilmes são comunidades tridimensionais complexas de microrganismos aderentes a uma superfície e encapsulados numa substância exopolimérica protectora. As complexidades anatómicas nos sistemas de canais radiculares abrigam as bactérias aderentes num biofilme dos procedimentos de limpeza e moldagem. As comunidades microbianas que crescem em biofilmes são notavelmente mais difíceis de erradicar com agentes antimicrobianos e os microrganismos em biofilmes maduros podem ser extremamente resistentes por razões que ainda têm de ser totalmente explicadas. Como a influência da dentina do canal radicular e outras superfícies na expressão de novos fenótipos de biofilmes ainda não foi abordada, as conclusões e decisões alcançadas a partir de estudos de biofilmes de monocultura em laboratório devem ser tomadas com grande cautela. Embora nenhuma das soluções de irrigação/desinfecção actualmente utilizadas no tratamento endodôntico seja capaz de realizar todas as tarefas necessárias, muitas delas podem ter impacto nos biofilmes, quer dissolvendo a película, matando os micróbios que residem no biofilme, quer ajudando a quebrar ou a separar a película da superfície.