As infecções endodônticas têm uma natureza polimicrobiana com bactérias anaeróbias obrigatórias que dominam conspicuamente a microbiota em infecções primárias. A grande maioria dos microrganismos na natureza cresce e funciona invariavelmente como membros de comunidades metabolicamente integradas, ou biofilmes. Estes biofilmes são responsáveis pela maioria das infecções crónicas e por quase todas as infecções recalcitrantes nos seres humanos. Os objectivos do tratamento do canal radicular são dissolver os tecidos vitais ou necróticos da polpa, romper os biofilmes endodônticos, neutralizar as endotoxinas e remover a smear layer. A aplicação do conceito de biofilme à microbiologia endodôntica ajuda a compreender o potencial patogénico do microbiota do canal radicular e a criar novas abordagens na desinfeção do canal radicular.