Les lagunes sont des systèmes quasi-fermés où les interfaces régissent fortement les cycles des contaminants. L étude de la contamination chimique et des processus d échange eau-sédiment est essentielle pour mieux cerner la pression anthropique et évaluer les atteintes qu elle représente pour des écosystèmes lagunaires. Trois familles de contaminants organiques sont étudiées (HAP, PCB et OCP) dans les sédiments de l étang de Thau. Les niveaux et les distributions spatiales sont déterminés dans les sédiments de surface, les stocks et les flux sont estimés. L historique de la contamination, étudié à partir de carottes sédimentaires, s avère représentatif de l évolution de la contamination au niveau national et concorde avec les tendances européennes et mondiales. Les inventaires, les tendances temporelles, et les flux sont quantifiés. L étude expérimentale de la disponibilité des contaminants est basée sur l utilisation d échantillonneurs passifs. Les résultats ouvrent des perspectives de travail sur une meilleure compréhension de la disponibilité des contaminants selon leur propriété et la nature et l âge de la matière organique.