Der Boden bietet eine hervorragende Nische für die rhizosperischen Mikroorganismen und scheint der Hot-Spot für die mikrobiellen Wechselwirkungen zu sein. Unter den Bodenmikroorganismen können arbsukuläre Mykorrhiza- und andere phosphatlöslich machende Mikroorganismen das Pflanzenwachstum fördern und auch sehr wirksam gegen durch den Boden übertragene Krankheiten sein. Die Mykorrhizapilze haben die Fähigkeit, die Pflanzenvitalität und die Bodenqualität zu verbessern und spielen auch eine entscheidende Rolle bei der Nährstoffaufnahme, den Wasserbeziehungen, dem Aufbau des Ökosystems und der Produktivität der Pflanzen. In ähnlicher Weise können phosphatlöslichmachende Mikroorganismen die Keimung der Samen, die Wurzelentwicklung und die Wasseraufnahme durch Pflanzen erheblich verbessern. Daneben können sie auch die Nährstoffaufnahme verbessern oder indirekt durch Veränderung des mikrobiellen Gleichgewichts zugunsten nützlicher Mikroorganismen in der Rhizosphäre und das breite Spektrum pflanzlicher Pflanzenpathogene unterdrücken. In Anbetracht der Bedeutung dieser Symbionten für den Schutz vor Pflanzenkrankheiten wurde für die Forschung deutlich, dass die kombinierte Anwendung dieser Mikroorganismen vorteilhafter ist als die Verwendung eines einzelnen Wirkstoffs und ein besseres Management gegen die vom Boden übertragenen Pflanzenpathogene bietet.