Biologische Anwendung von Spiro-Verbindungen - Mohamed Kassim, Asaraf Ali;Lakshmipathi, Venu Sanjeevi
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Die Moleküle wurden mit der Freeware ACD Chemsketch 12 gezeichnet, gefolgt von einer Energieoptimierung mit dem Kraftfeld MMFF94 unter Verwendung von TINKER. Die pdb der Proteine wurden von der Protein-Datenbank (www.rcsb.org) heruntergeladen. Die Proteine wurden zunächst einer Energieminimierung und Protonierung unterzogen, gefolgt von der Erkennung der "Site Identification". Der Rezeptor und die Wirkstoffkandidaten wurden vor dem eigentlichen Docking optimiert, gefolgt vom Docking in MOE 2012.10 unter Verwendung des im Handbuch der Software genannten Standardverfahrens. Die Moleküle wurden…mehr

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Produktbeschreibung
Die Moleküle wurden mit der Freeware ACD Chemsketch 12 gezeichnet, gefolgt von einer Energieoptimierung mit dem Kraftfeld MMFF94 unter Verwendung von TINKER. Die pdb der Proteine wurden von der Protein-Datenbank (www.rcsb.org) heruntergeladen. Die Proteine wurden zunächst einer Energieminimierung und Protonierung unterzogen, gefolgt von der Erkennung der "Site Identification". Der Rezeptor und die Wirkstoffkandidaten wurden vor dem eigentlichen Docking optimiert, gefolgt vom Docking in MOE 2012.10 unter Verwendung des im Handbuch der Software genannten Standardverfahrens. Die Moleküle wurden an das aktive Zentrum angedockt, wobei das "Kraftfeld" als Verfeinerungstechnik mit den Standardeinstellungen von MOE 2012.10 verwendet wurde. Alle neu synthetisierten Moleküle wurden an das aktive Zentrum von AChE angedockt (pdb- 1GQR, Röntgenauflösung = 2,20 Ao). Für die vorliegende Analyse wurde die Enoyl-Acyl-Carrier-Protein-Reduktase (InhA) von M. tuberculosis verwendet, die die NADH-spezifische Reduktion von 2-trans-Enoyl-ACP katalysiert (pdb: 2H7M, Auflösung = 1,62Å). Der Einfachheit halber und zu Vergleichszwecken geben wir stellvertretend die Docking-Posen für die aktive Verbindung jeder Serie an.
Autorenporträt
O Professor Asaraf Ali Mohamed Kassim obteve o seu Bacharelato em Engenharia com distinção de Primeira Classe e Mestrado em Engenharia Electrotécnica pela NUS, e o seu doutoramento pela Carnegie Mellon University. Antes de se juntar à NUS, Ashraf esteve envolvido em investigação de visão mecânica na Texas Instruments.