Os biomarcadores fornecem uma indicação precoce da presença e/ou dos efeitos da contaminação ambiental. Estes instrumentos têm a vantagem de poder caraterizar o(s) modo(s) de ação de um contaminante, sendo alguns biomarcadores relativamente específicos de um determinado tipo de contaminante. Os biomarcadores podem ser utilizados diretamente em organismos nativos do ambiente de interesse ou como parte de bioensaios.A atividade da acetilcolinesterase e a taxa de alimentação são dois biomarcadores relevantes para medir o efeito da exposição a poluentes em vários grupos de invertebrados e peixes. No entanto, parece ser necessária mais investigação para limitar os artefactos envolvidos na interpretação dos seus valores e para obter resultados cada vez mais eficazes.