Un biomarcatore o marcatore biologico è una sostanza che viene oggettivamente misurata e valutata come indicatore di un normale processo biologico, di un processo patogeno o di una risposta farmacologica a un intervento terapeutico. Un marcatore diagnostico ideale dovrebbe indicare la presenza di un processo patologico prima che si verifichi un danno clinico esteso. Nel campo della parodontologia, i criteri clinici tradizionali sono spesso insufficienti per determinare i siti della malattia attiva, per monitorare la risposta alla terapia o per misurare il grado di suscettibilità alla futura progressione della malattia. I biomarcatori contribuiscono alla conoscenza della farmacologia clinica e forniscono una base per la progettazione di studi clinici che valutano in modo rapido e definitivo la sicurezza e l'efficacia. I ricercatori del settore biotecnologico e medico stanno attualmente studiando l'uso dei fluidi orali per la diagnosi di malattie orali e sistemiche e per lo sviluppo di farmaci. Lo sviluppo di un ampio spettro di fattori marcatori sarà un obiettivo primario della ricerca parodontale.