Las infecciones endodónticas son de naturaleza polimicrobiana y las bacterias anaerobias obligadas dominan claramente la microbiota en las infecciones primarias. La gran mayoría de los microorganismos en la naturaleza crecen y funcionan invariablemente como miembros de comunidades metabólicamente integradas, o biopelículas. Estas biopelículas son responsables de la mayoría de las infecciones crónicas y de casi todas las infecciones recalcitrantes en los seres humanos. Los objetivos del tratamiento del conducto radicular son disolver los tejidos pulpares vitales o necróticos, alterar las biopelículas endodónticas, neutralizar las endotoxinas y eliminar la capa de barrillo dentinario. La aplicación del concepto de biopelícula a la microbiología endodóntica ayuda a comprender el potencial patógeno de la microbiota del conducto radicular y a formular nuevos enfoques en la desinfección del conducto radicular.
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