Las poblaciones de moluscos bivalvos pueden ser hospedadoras de múltiples organismos patógenos (virus, bacterias, hongos, protistas y metazoos), cuya presencia es regulada eficazmente a niveles poblacionales en ambientes silvestres. Los cultivos a escala comercial producen concentraciones de individuos, que ocasionan alteraciones del medio y del equilibrio natural en la relación parásito-hospedador, generándose condiciones apropiadas para el desarrollo de enfermedades. Entre los años 1995 y 1996, una empresa privada se instala en la Bahía de San Antonio (Golfo San Matías) para iniciar cultivos comerciales de la ostra plana autóctona, Ostrea puelchana. A los 18 meses de iniciado el cultivo se detectaron mortalidades anormales que en un año afectaron al 95% de las ostras. Estudios histopatológicos revelaron la presencia de un protozoo parásito tipo Bonamia. Este trabajo presenta resultados de estudios Citológicos, Histológicos, Moleculares y Epidemiológicos, realizados sobre cultivos y poblaciones de O. puelchana en Patagonia Norte, entre los años 1996 y 2002, con el propósito de detectar, identificar y caracterizar el agente patógeno asociado a las mortalidades en el área de cultivo