Zu Beginn dieser Jahre beendet Jacobi sein, wie er es nannte, »Zigeunerleben« und lässt sich in Eutin nieder; hier verfasst er - im Kontext des 'Atheismusstreits' um die Philosophie J. G. Fichtes - sein teils apologetisches, teils kritisches Sendschreiben 'Jacobi an Fichte', und im Anschluss daran bereitet er seine ausführlichste Kritik an Kant vor ('Ueber das Unternehmen des Kritizismus ...'). Seine wichtigsten Briefpartner in diesen Streitsachen sind Karl Leonhard Reinhold und Jean Paul. Daneben spiegelt sich im Briefwechsel die tiefe Enttäuschung, in die F. L. Graf zu Stolbergs Konversion (1800) Jacobi stürzt.
»Die Briefausgabe zeigt ein Kommunikationsgeflecht, das bis auf wenige Ausnahmen seinerzeit nicht ans Licht der Öffentlichkeit getreten ist, somit vieles Verborgenes enthält, und zugleich das, was öffentlich vorgelegt wurde, erhellt und tiefer verständlich macht.« Wilhelm G. Jacobs, Philosophisches Jahrbuch