El cultivo y caracterización de las células madre, y en especial de las pluripotentes, ha supuesto un hito en la investigación tanto básica como aplicada. El desarrollo de métodos para generar células pluripotentes específicas a un paciente, mediante reprogramación, y de protocolos para derivar el tipo celular necesario para curar una dolencia, supone una gran esperanza para el futuro tratamiento de enfermedades hasta ahora incurables como el Parkinson, Alzheimer o la Diabetes. Es más, dichos cultivos pueden ser utilizados para evaluar la seguridad y eficacia de nuevos fármacos o químicos con posible repercusión en la salud. No obstante, para ello, es imprescindible evaluar y mantener una alta calidad de los cultivos pluripotentes. El presente trabajo, basado en un trabajo doctoral, pretende ser una guía para el correcto mantenimiento y evaluación de estos cultivos, resumiendo no solo protocolos estandarizados sino además observaciones prácticas y problemas con sus soluciones para asistir al lector. Se abarca además la caracterización de de una población que podría suponer un peligro potencial para la salud en caso de usarse en terapia, de relevancia tanto científica como clínica.