Cuando se corta la dentina con instrumentos manuales o rotatorios, los tejidos mineralizados no se desmenuzan ni se escinden, sino que se rompen y producen cantidades considerables de residuos. La capa de barrillo en una cavidad y en el conducto radicular puede no ser directamente comparable. No sólo las herramientas para la preparación de la dentina son diferentes en las cavidades coronales, sino que en el conducto radicular el número de túbulos dentinarios muestra una mayor variación y es probable que haya más restos de tejido blando. La limpieza mecánica y química del conducto radicular es la principal aprehensión del tratamiento endodóntico. También contiene una capa de barrillo dentinario que es una capa superficial irregular. Es amorfa y cubre las paredes del canal radicular. Esto se debe a la instrumentación de las paredes del canal. La instrumentación mecánica y la irrigación meticulosa con desinfectantes son necesarias para la desinfección adecuada del canal radicular. Los métodos actuales de eliminación del barrillo dentinario incluyen técnicas químicas, ultrasónicas y láser, ninguna de las cuales es totalmente eficaz en toda la extensión de todos los conductos ni es universalmente aceptada.
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